Na místě, kde podle tradice kázával mistr Jan Hus, si v letech 1930 - 1931 architektem Petrem Kropáčkem nechal postavit tehdejší československý ministr zahraničních věcí Edvard Beneš dům jako místo odpočinku pro sebe a svou manželku Hanu. Osobitý a zvláštní styl jeho domu v Sezimově Ústí byl ovlivněn jihofrancouzskou architekturou a doplněn rozsáhlou pěstěnou zahradou.
Když byl v prosinci 1935 zvolen Edvard Beneš prezidentem republiky, změnil se dům v sídlo prezidenta, což přispělo k rozkvětu celého Sezimova Ústí. Do vily přijížděly návštěvy politiků i představitelů kultury, mezi nimiž byl zvlášť vítaným hostem spisovatel Karel Čapek.
Ze Sezimova Ústí odjel prezident 22. září 1938 do exilu, kde zahájil otevřený boj za obnovu Československé republiky. Během německé okupace byla prezidentova vila vypleněna gestapem a německou amádou. Vedle nábytku, uměleckých předmětů a osobních věcí byla rozkradena i obsáhlá odborná prezidentova knihovna, čítající na 12 000 svazků.
I když se prezident Beneš vracel z exilu jako vítěz nad fašismem, milován celým národem, byl konec jeho života nešťastný. Po komunistickém puči odmítl podepsat novou nedemokratickou ústavu a 2. června 1948 se vzdal prezidentské funkce, opustil Pražský hrad a natrvalo přesídlil do svého domu v Sezimově Ústí. Zde ve své vile zemřel 3. září 1948. Místem jeho posledního odpočinku je hrobka na místě bývalé kamenné kazatelny mistra Jana Husa. Tehdejší první dáma republiky Hana Benešová sem byla po utajeném pohřbu pochována v roce 1975. Hrobku stále zdobí čerstvé květiny a každoročně ji navštěvuje mnoho lidí, přicházejících se poklonit, uctít památku a připomenout si, co prezident Beneš pro český národ v jeho těžkých dobách učinil.
Vila prošla v 70. letech rekonstrukcí a nyní je majetkem Úřadu vlády České republiky a pro veřejnost je otevřena pouze její část s parkem a hrobkou. Je národní ostudou, že od doby, kdy prezidentova manželka ve své poslední vůli určila vilu jako budoucí muzeum a věčnou památku odkazu jejího manžela, nebylo této závěti po desetiletí vyhověno. V roce 2000 přistoupila vláda ČR částečně k naplnění závěti Hany Benešové na zřízení Památníku Edvarda Beneše v areálu vily v Sezimově Ústí. Vedle toho jsou většinou v období státních svátků a ve výroční dny narození a úmrtí dr. Edvarda Beneše pro veřejnost zpřístupněny dobově rekonstruované místnosti.